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知识库
读的、学的部分。其中“实战工作流”是 step-by-step 教程,会大量链向左边工具导航里的具体条目。
A
入门 / 课程 / 综述
导航站与系统课
DeepChem 教程Stanford CS224WMIT 6.S191
Practical CheminformaticsTeachOpenCADDRDKit Cookbook
NRDD「AI for DD」综述Papers with Code
+ 约 22 项B
核心概念 · 计算视角
cheminformatics / 建模
SMILES / SELFIES分子图Morgan / ECFP
TanimotoScaffoldQSAR / QSPR
QEDSA scoreDocking score / pose
药效团MD / RMSDFEP / RBFEDMTA
与 [I] 分工:此处偏计算 / cheminformatics 视角,ADMET、hERG 等同名项不与 I 重复。
C
必读论文与模型路线
每条配论文 + 实现链接
AlphaFold2 / 3RoseTTAFoldESMFold
ProteinMPNNRFdiffusionDiffDock
Chemprop (D-MPNN)Uni-MolBoltz-1 / 2
Chai-1REINVENTGuacaMol / MOSESMolFormer
+ 约 28 项I
药化与 CADD 基础 · 实验视角
湿实验 / 临床前 cascade
Hit-to-leadLead optimizationSAR / SPR / ITC
靶点结合 (CETSA / NanoBRET)ADME cascade
微粒体 / 肝细胞稳定性Caco-2 / MDCKCYP / hERG
AmesPK 参数 (Cmax / AUC / t½)PK/PD
IND-enabling临床候选提名
与 [B] 分工:此处偏湿实验 / 临床前流程。
H
实战工作流
step-by-step · 链向工具页
拉活性数据
(ChEMBL)→ 清洗 / 标准化
SMILES→ ECFP4 +
scaffold split→ 训练
Chemprop / ADMET→ Vina / GNINA
docking→ DiffDock / Boltz
比对→ REINVENT4 生成
(QED·SA·ADMET 约束)→ OpenMM
MD→ OpenFE
RBFE→ DMTA
闭环报告
(ChEMBL)→ 清洗 / 标准化
SMILES→ ECFP4 +
scaffold split→ 训练
Chemprop / ADMET→ Vina / GNINA
docking→ DiffDock / Boltz
比对→ REINVENT4 生成
(QED·SA·ADMET 约束)→ OpenMM
MD→ OpenFE
RBFE→ DMTA
闭环报告
G
AI 制药公司 · 行业地图
赛道与代表公司
Insilico MedicineSchrödingerRecursion
ExscientiaIsomorphic LabsBenevolentAI
AtomwiseIktosXtalPi / 晶泰
DP Technology / 深势Generate:BiomedicinesIambic
望石智慧
+ 约 28 项