当你有了深度学习与图模型的基础,需要一本把「深度学习」和「分子」真正打通的系统读物。《Deep Learning for Molecules and Materials》是 Andrew White 编写的开放获取在线书(dmol.pub),以可运行代码贯穿,适合作为进阶主线。
这本书的特点
- 开放免费、网页可读,每章配 Python 代码,可边读边跑。
- 从基础(张量、回归、神经网络)一路讲到分子专门方法:图神经网络、等变神经网络、变分自编码器、标准化流、注意力等。
- 强调「为什么分子任务需要特定结构」,例如为何 3D 任务需要 SE(3) 等变性。
适合谁、怎么读
- 适合已过深度学习入门(如 6.S191)、想专攻分子方向的学习者。
- 建议按章顺序读,把每章代码跑通;遇到图与等变章节,结合 CS224W(006)与论文精读模块一起看。
- 把它作为「主线教材」,零散论文作为「专题补充」,学习更有结构。
与其它资源的关系
- 广度的「分子 ML 工具」用 DeepChem(004);
- 系统的「任务与数据」用 TDC(005、009);
- 体系化的「方法与原理」用这本书 + 「AI 模型」模块的论文精读。
关键要点
- dmol.pub = 「深度学习 × 分子」的结构化、可动手教材;
- 重点章节:GNN、等变网络、生成模型;
- 用它当主线,论文当专题,避免碎片化学习。
延伸资源
- 在线书:dmol.pub(Deep Learning for Molecules and Materials, Andrew White)。
- 配套:006《CS224W》、「AI 模型」模块的《等变神经网络》。