OpenMM 是高性能、开源的分子动力学（MD）引擎，支持 GPU 加速，提供干净的 Python API，是新手跑通第一条蛋白-配体 MD 模拟的推荐工具。
OpenMM 适合什么
- Python 优先：用脚本搭体系、设条件、跑模拟，易学易自动化。
- GPU 加速：单卡即可跑中等体系的纳秒级模拟。
- 生态成熟：与 OpenFF（参数化）、MDAnalysis / MDTraj（轨迹分析）无缝衔接。
入门路线
- 先理解 MD 在做什么：在力场下让原子随时间运动，观察构象与相互作用的稳定性。
- 跑通最小例子：加载体系 → 能量最小化 → 平衡 → 生产模拟 → 保存轨迹。
- 再学分析：用 RMSD / RMSF 判断稳定性（见「结构与模拟」模块）。
关键要点
- OpenMM = Python 友好、GPU 加速的 MD 引擎，适合入门；
- 先跑通「最小化→平衡→生产→分析」最小闭环；
- 它是结构与模拟、自由能计算流程的核心引擎。
延伸资源
- 官方网站：openmm.org
- 源码：github.com/openmm/openmm