AlphaFold Server 教程：如何快速预测蛋白结构和复合物

AlphaFold Server 是 Google DeepMind 提供的免费网页端结构预测服务，背后是 AlphaFold3 类模型。无需写代码，提交序列即可在几分钟内拿到蛋白及复合物的预测结构。

它能做什么

• 预测单链蛋白结构；
• 预测蛋白-蛋白、蛋白-核酸等复合物；
• 支持部分配体/离子，输出带置信度（如 pLDDT、PAE）的结构。

怎么用、注意什么

• 看置信度：pLDDT 低的区域（常是柔性 loop）不要当作可靠结构。
• 有使用配额与许可限制：免费版有每日额度，且通常限非商业用途，商用需走合规途径。
• 预测 ≠ 实验结构：可作设计起点，但关键结论仍需实验或更严谨方法验证。

延伸资源

• 服务入口：alphafoldserver.com
• 开源替代：ColabFold、OpenFold、Boltz（020）、Chai-1（021），见「结构与模拟」模块。