AutoDock Vina 是使用最广泛的免费开源分子对接工具。理解它的基本用法，是入门基于结构的虚拟筛选的必经一步。
对接的三个关键
- 受体与配体准备：补全结构、加氢、转成 PDBQT 格式（常用 Meeko / OpenBabel）。
- 对接盒子（search box）：定义口袋的搜索范围，位置与大小直接影响结果。
- 打分与姿势：Vina 给出结合能估计与多个候选姿势，需要人判断是否合理。
怎么上手
- 挑一个有共晶配体的口袋，先「重对接」原配体，验证流程能复现已知姿势。
- 再对接新分子，对照已知活性看排序是否合理。
- Vina 1.2 改进了打分与多功能性；进阶可用 GNINA（016）做 CNN 重打分。
关键要点
- Vina = 免费对接的标准入门工具；
- 对接盒子与结构准备决定结果质量；
- 先用「重对接已知配体」验证流程，再做新分子。