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Practical Cheminformatics 博客:药物化学家的计算入门指南

Pat Walters 的 Practical Cheminformatics 博客把真实药化问题与 RDKit / 机器学习代码结合,是药化背景者补计算最实战的入口。

对有药物化学背景、想补计算能力的人来说,Pat Walters(Patrick Walters)维护的 Practical Cheminformatics 博客是最实战的入口。他长期在药企/Biotech 做计算,文章从真实问题出发,几乎每篇都带可运行的 RDKit 与机器学习代码。

这个博客好在哪

  • 问题导向:不是教语法,而是回答「相似性怎么算才靠谱」「数据集怎么划分不作弊」这类一线问题。
  • 代码可跑:配套 Jupyter Notebook,强调可复现与常见坑。
  • 有判断:会指出方法的局限与误用,培养「批判地用工具」的习惯。

适合谁、怎么用

  • 药化 / 生物背景:把它当「计算直觉」的来源,先读与你项目相关的主题。
  • 算法背景:用它理解化学问题的真实约束,避免做出「分数高但没用」的模型。
  • 读法建议:挑一个主题(如指纹与相似性),把对应 Notebook 跑一遍再读下一篇。

关键要点

  • 问题导向 + 可运行代码,是药化补计算的最佳实战读物;
  • 重点学它「对方法局限的判断」,而非只抄代码;
  • 和 RDKit Cookbook(013)配合:一个讲思路,一个查用法。

延伸资源