Papers with Code 蛋白结构预测导航

蛋白结构预测是 AI 制药里进展最快的方向之一。导航它的关键，是依赖权威评测基准而非单篇论文的宣传。本篇讲如何用基准来定位这一领域的 SOTA。

现状提示：Papers with Code 已于 2025 年关停，部分迁移至 Hugging Face Papers。结构预测领域更应以 CASP / CAMEO 等社区评测为准绳。

权威评测怎么看

• CASP：两年一度的盲测，是结构预测的「奥运会」，AlphaFold2 正是在 CASP14 一举突破。
• CAMEO：持续滚动的自动评测，反映方法的稳定表现。
• 指标：单体常看 GDT-TS / lDDT，复合物看界面相关指标（如 DockQ）。

这一领域的代表方法

• AlphaFold2 / 3、RoseTTAFold（含 All-Atom）、ESMFold；
• 开源实现：OpenFold、ColabFold；新一代 Boltz、Chai-1。
• 读法：先读综述把脉络理清，再按基准挑代表作精读。

延伸资源

• Hugging Face Papers：huggingface.co/papers
• 配套阅读：「结构与模拟」模块的 AlphaFold2/3、RoseTTAFold、ESMFold 精读。