TeachOpenCADD 是一套开源的计算机辅助药物设计(CADD)教学项目,由 Volkamer 实验室维护。它把 CADD 拆成一连串「talktorial」(讲解 + 代码的 Jupyter Notebook),全部基于开源工具,适合系统走一遍完整流程。
它覆盖的流程
- 数据获取:从 ChEMBL 拉化合物与活性数据。
- 分子过滤:类药规则、PAINS 等结构警示过滤。
- 基于配体:相似性、聚类、机器学习活性预测。
- 基于结构:蛋白结构获取、分子对接与相互作用分析。
每个 talktorial 都能独立运行,也能串成一条端到端流水线。
怎么用
- 建议按编号顺序学,前几个建立数据与化学信息学基础,后面进入筛选与对接。
- 用 Colab 或本地 conda 环境运行;遇到不懂的概念,回到本知识库对应模块补。
- 把它当「CADD 全流程地图」,与「实战流程」模块的 DMTA 工作流互为印证。
关键要点
- TeachOpenCADD = 开源工具走完 CADD 全流程的系统教程;
- talktorial 可独立、可串联,适合按需学习;
- 它是连接「概念」与「实战工作流」的好桥梁。