Morgan Fingerprint 入门：ECFP 为什么如此常用

Morgan 指纹（常以 ECFP 之名出现）是当今最常用的分子指纹。它基于 Morgan 算法，通过迭代地编码每个原子周围的「圆形环境」来表示分子。

它是怎么工作的

• 从每个原子出发，逐步把邻居信息「卷」进来，半径每加 1，覆盖范围扩大一圈。
• 每个原子环境被哈希成一个标识符，汇总成指纹。
• 半径决定 ECFP 名称：半径 2 ≈ ECFP4，半径 3 ≈ ECFP6（名字里的数字是直径）。

为什么这么受欢迎

• 表达力强：能区分细微结构差异。
• 快：计算高效，适合海量化合物。
• 通用：既可做相似性搜索，也可折叠成定长位向量做 ML 特征。

延伸资源

• 实操：RDKit GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=2, nBits=2048)。
• 深入：037《ECFP 详解》。