骨架(scaffold)指一个分子的核心框架——通常是它的环系与连接环的部分。药物化学家习惯围绕骨架来组织和理解一系列化合物。
为什么骨架重要
- 组织 SAR:同一骨架、不同取代基的系列,便于比较活性变化(构效关系)。
- 知识产权:新颖骨架往往意味着新的化学空间与专利空间。
- 骨架跃迁(scaffold hopping):在保持关键相互作用的前提下更换母核,是优化与规避专利的重要手段。
在 AI 流程里的作用
- 数据划分:按骨架划分训练/测试集,更真实地评估泛化(见 051)。
- 多样性:统计骨架分布,判断库是否过于集中。
- 生成约束:可要求生成模型跳出已有骨架。
关键要点
- 骨架 = 分子的核心环系框架;
- 药化围绕骨架组织 SAR、做骨架跃迁;
- AI 里用于划分、多样性与生成约束。
延伸资源
- 深入:041《Bemis–Murcko Scaffold》、051《Scaffold Split》。
- 「实战流程」模块:Scaffold Hopping 实战。