片段(fragment)是分子量更小、更简单的分子。基于片段的药物发现(FBDD,Fragment-Based Drug Discovery)从弱结合但高效率的小片段出发,逐步「生长」或「连接」成先导物。理解片段空间有助于把这类数据接入 AI 流程。
片段的基本概念
- 三规则(Rule of Three):片段通常分子量 < 300、氢键供受体与 logP 都较小,是经验筛选标准。
- 高配体效率:片段单位原子贡献的结合力高,是优质起点。
- 片段空间:可枚举的片段组合空间,比完整分子空间更易系统探索。
怎么进入 AI 流程
- 片段生长 / 连接:用生成或规则方法在片段上扩展(与 Linker Design 相关)。
- 片段筛选:对接或模型对片段库打分,挑有潜力的起点。
- 数据视角:片段-蛋白复合物结构是宝贵的结构化数据来源。
关键要点
- 片段 = 小而高效率的起点分子(三规则);
- FBDD 靠生长/连接把片段做成先导;
- 片段空间适合系统化的 AI 探索。
延伸资源
- 配套:「实战流程」模块的 Linker Design、「新药模态」与「数据资源」相关内容。