Bemis–Murcko Scaffold：标准骨架提取方法入门

Bemis–Murcko 骨架是最常用的标准化骨架提取方法。它的思路简单：去掉分子的末端侧链，保留所有环系以及连接这些环的「连接子（linker）」。

它怎么定义骨架

• 保留：所有环系 + 连接环之间的原子链。
• 去掉：挂在外面的取代基（侧链）。
• 还可进一步抽象为骨架框架（generic framework）：把所有原子当碳、所有键当单键，只看拓扑形状。

用途

• 统计骨架分布：一个化合物库由多少种骨架构成。
• 骨架划分：作为 Scaffold Split 的依据（见 051）。
• SAR 组织：把同骨架分子归为一组分析。

延伸资源

• 实操：RDKit MurckoScaffold.GetScaffoldForMol(mol)。
• 配套：040《Scaffold 骨架》、051《Scaffold Split》。