分子对接、3D 描述符、分子动力学都需要分子的三维坐标。构象生成（conformer generation）就是把 2D 结构（如 SMILES）转成合理的 3D 构象。
基本流程
- 嵌入坐标：用距离几何等方法生成初始 3D 坐标（RDKit 常用 ETKDG 算法）。
- 能量最小化：用力场（MMFF / UFF）优化，得到能量更低的构象。
- 生成多个构象：柔性分子有多个可及构象，常生成一组并去重。
实践要点
- 柔性越大、构象越多：旋转键多的分子需要更多构象采样。
- 生物活性构象未必是最低能量构象：对接时要保留构象多样性。
- 构象质量直接影响下游对接与 3D 模型的可靠性。
关键要点
- 构象生成 = 2D → 合理 3D 坐标；
- 常用 ETKDG 嵌入 + 力场最小化 + 多构象采样；
- 活性构象 ≠ 最低能量构象，需保留多样性。
延伸资源
- 实操：RDKit
AllChem.EmbedMultipleConfs+MMFFOptimizeMolecule。 - 配套：「结构与模拟」模块的对接与 MD。