基于结构的药物设计,第一步是看清结合口袋(binding pocket)——配体结合的那个腔。口袋的形状、大小、亲疏水分布与可成药性,决定了什么样的分子可能结合。
读口袋要看什么
- 几何:口袋大小、深浅、开口,决定能容纳多大的分子。
- 理化性质:疏水区、氢键供受体、可成盐的带电残基。
- 关键残基:与活性密切相关、值得形成相互作用的位点。
可成药性(druggability)
- 不是所有口袋都「好做药」:太浅太平、过于亲水/极性的口袋往往难成药。
- 可用 fpocket 等工具检测口袋并评估可成药性。
- 没有口袋的「平坦界面」(如 PPI)尤其难,需要特殊策略(见「新药模态」)。
关键要点
- 口袋的几何 + 理化性质决定设计起点;
- 先评估可成药性,别在难口袋上硬上;
- 无口袋的平坦界面最难,需特殊策略。
延伸资源
- 工具:fpocket 等口袋检测;配套 092《药效团》、095《Docking Score》。