ColabFold(Mirdita 等, Nat Methods 2022)把 AlphaFold2 变得人人可用:用更快的 MMseqs2 替代耗时的 MSA 搜索,并在 Google Colab 上提供傻瓜式界面。
它解决什么
- MSA 提速:MMseqs2 让序列搜索快了一个量级。
- 零安装:在 Colab 里贴序列就能跑。
- 支持复合物:可跑 AlphaFold-Multimer 预测复合物。
使用建议
- 是个人/小团队跑 AF2 最省事的入口。
- 注意 Colab 资源限制与 pLDDT/PAE 置信度解读。
- 大规模或定制需求转向本地部署或 OpenFold。
关键要点
- ColabFold = MMseqs2 提速 + Colab 易用;
- 零安装、支持复合物;
- 个人跑 AF2 的首选入口。
延伸资源
- 配套:112《AlphaFold2》、117《OpenFold》、019《AlphaFold Server》。