本篇给出用 OpenMM 跑蛋白-小分子复合物 10–100 ns MD 的标准流程骨架，帮你把「研究柔性/稳定性」的想法落地。
标准步骤
- 准备结构：修复蛋白（PDBFixer）、给配体参数化（OpenFF，见 014）。
- 建盒加水加离子：构建溶剂化体系、中和电荷。
- 能量最小化：消除初始冲突。
- 平衡：NVT/NPT 逐步升温、定压平衡。
- 生产模拟：跑 10–100 ns，按间隔保存轨迹。
实践提示
- 配体力场：小分子参数化质量是常见坑，务必检查。
- 时长与重复：单条轨迹有偶然性，关键结论需多副本。
- 产出的轨迹用 MDAnalysis（129）分析。
关键要点
- 流程：参数化→建盒→最小化→平衡→生产；
- 配体力场质量是关键坑；
- 关键结论要多副本，再做分析。
延伸资源
- 配套：015《OpenMM 教程》、014《OpenFF》、129《MDAnalysis》。