AutoDock Vina 1.2(Eberhardt 等, 2021, J Chem Inf Model)是 Vina 的现代化升级,让它更适合纳入自动化工作流。
主要改进
- 多打分函数:内置 Vina、Vinardo、AD4 等可选打分。
- Python 接口:可脚本化调用,便于批量与集成。
- 大环支持:改进对柔性大环的处理。
- 批量对接:更适合规模化虚拟筛选。
对实践的影响
- 把 Vina 从「命令行单次工具」升级为「可编程对接引擎」。
- 与 Meeko(106)配合做配体/受体准备,流程更顺。
- 是当前用 Vina 系做虚拟筛选的推荐版本。
关键要点
- 1.2 加入多打分、Python 接口、大环与批量;
- 更适合自动化与规模化筛选;
- 配合 Meeko 做文件准备。
延伸资源
- 论文:Eberhardt 等, JCIM 2021;配套 106《Meeko》。