MM/PBSA：从轨迹估算结合自由能

MM/PBSA 是一种从 MD 轨迹估算结合自由能的「端点法」：用分子力学能量加上 Poisson-Boltzmann 连续溶剂模型与表面积项来近似结合自由能。

基本思路

• 端点法：只算「结合态」与「自由态」两端，不做炼金路径。
• 能量分解：分子力学项 + 极性溶剂化（PB）+ 非极性项。
• 从轨迹取样：在 MD 帧上平均。

优势与局限

• 优势：比 FEP 便宜，适合对一批分子做相对排序。
• 局限：熵项处理粗糙、对参数敏感，绝对值不可尽信。
• 常用于「半定量」排序，而非精确预测。

延伸资源

• 对照：126《MM/GBSA》、127《FEP》。