Meeko（Forli 实验室）专门为 AutoDock Vina 做配体与受体的准备，把分子转成 Vina 需要的 PDBQT 格式并处理诸多细节。
它做什么
- 配体准备：分配原子类型、可旋转键、电荷，输出 PDBQT。
- 大环处理：支持大环柔性对接的特殊处理。
- 受体准备：生成受体 PDBQT 与对接所需文件。
在流程中的位置
- PDBFixer 修结构 → Meeko 准备 PDBQT → Vina/GNINA 对接。
- 与 Vina 1.2 的 Python 接口配合良好。
- 准备质量直接影响对接结果的可靠性。
关键要点
- Meeko = Vina 的 PDBQT 准备工具；
- 处理原子类型、可旋转键、大环；
- 是「修复→准备→对接」链条的关键一环。
延伸资源
- 配套：098《Vina 1.2》、105《PDBFixer》、017《Vina 教程》。