PyMOL 是药物设计与结构生物学最常用的三维可视化工具。把结构、口袋、相互作用与结合姿势画清楚，是沟通与汇报的基本功。
常用场景
- 展示口袋与配体：表面/卡通/棍状表示组合。
- 标注相互作用：画氢键、距离、关键残基。
- 出版级图：光线追踪渲染高质量图。
上手建议
- 先掌握选择语法与几种表示方式，再学渲染。
- 常用脚本化（.pml / Python）保证图可复现。
- 开源版即可满足多数需求。
关键要点
- PyMOL = 药物设计主力 3D 可视化；
- 掌握选择语法、表示方式与渲染；
- 脚本化保证图可复现。
延伸资源
- 配套：111《NGLView 与 3Dmol.js》（网页端）。