分子动力学 MD 入门：什么时候需要做模拟

分子动力学（MD）在力场作用下让原子随时间运动，观察体系的动态行为。它不是万能的，关键是判断「什么问题值得花算力去模拟」。

什么时候该用 MD

• 看柔性与稳定性：结合姿势是否稳定、loop/侧链如何运动。
• 水与诱导契合：研究水分子、口袋随配体变化的诱导构象。
• 为自由能铺路：MM/GBSA、FEP 都建立在采样之上。

注意事项

• 成本高：长时间尺度的事件常超出可模拟范围。
• 力场与采样：结果依赖力场质量与采样充分性。
• 不要为「看起来高级」而做 MD，要有明确问题。

延伸资源

• 引擎见 015《OpenMM》、128；分析见 124、129。