PDBFixer：对接前如何修复蛋白结构

PDBFixer 是 OpenMM 生态里的结构修复工具。真实 PDB 结构常有缺失原子、缺失残基、非标准残基或缺氢，直接拿去对接/模拟会出错。

它能修什么

• 补缺失原子/残基：补全侧链与短缺的环区。
• 加氢：按指定 pH 添加氢原子。
• 处理非标准残基与异质分子：替换或移除。
• 加溶剂盒子：为 MD 准备水/离子环境。

使用建议

• 修复是对接/模拟的前置步骤，质量直接影响结果。
• 对关键区域的补全要人工核查，避免引入错误构象。
• 常与 Meeko（106）、OpenBabel（107）配合做完整准备。

延伸资源

• 配套：106《Meeko》、107《OpenBabel》、015《OpenMM》。