MDAnalysis 分析轨迹：从 RMSD 到相互作用统计

MDAnalysis 是用 Python 分析分子动力学轨迹的主力库。它能读取各种轨迹格式，计算从 RMSD 到相互作用的各类指标。

能做什么

• 稳定性：RMSD、RMSF、回转半径等。
• 相互作用：氢键、接触、距离/角度随时间变化。
• 选择与切片：灵活选择原子/残基、按时间分析。

使用建议

• 先用 RMSD 判断平衡区，再在平衡段做统计（见 124）。
• 与 ProLIF（109）配合做相互作用指纹的轨迹统计。
• 轻量替代有 MDTraj，按习惯选择。

延伸资源

• 配套：124《RMSD 与 RMSF》、109《ProLIF》、128。