AlphaFold3（Abramson 等, Nature 2024）把结构预测从「单链蛋白」扩展到蛋白-核酸-配体-离子等复合物，采用扩散式生成的结构生成方式。
关键变化
- 统一建模多种分子：不止蛋白，还能放入核酸、小分子配体、离子等。
- 扩散式结构生成：用扩散思想生成原子坐标，简化了部分架构。
- 复合物预测：直接预测多组分的相互作用结构。
意义与边界
- 意义：向「结构 + 相互作用」一体化迈进，利于基于结构的药物设计。
- 边界：对某些配体/构象仍有误差，置信度与幻觉问题需关注。
- 开放使用以 AlphaFold Server（019）为主；开源替代见 Boltz、Chai-1。
关键要点
- AF3 统一预测蛋白/核酸/配体/离子复合物；
- 采用扩散式结构生成；
- 关注配体精度与置信度。
延伸资源
- 论文：Abramson 等, Nature 2024；服务见 019。