RMSD 与 RMSF：MD 轨迹稳定性如何判断

分析 MD 轨迹，最先看两个指标：RMSD（均方根偏差）和 RMSF（均方根涨落）。它们回答「体系稳不稳、哪里在动」。

两者含义

• RMSD：结构相对参考（如起始/晶体）的整体偏离随时间的变化。RMSD 趋于平台，常意味着体系平衡。
• RMSF：每个残基在轨迹中的平均波动，揭示哪些区域柔性大（常是 loop、末端）。

怎么用

• 判断平衡：用 RMSD 看模拟是否进入稳定区，再做后续分析。
• 定位柔性：用 RMSF 找出灵活区域，关联功能与结合。
• 结合配体 RMSD 看结合姿势在模拟中是否保持。

延伸资源

• 工具见 129《MDAnalysis》；配套 123《MD 入门》。