OpenBabel 转格式：PDB、SDF、MOL2、PDBQT 怎么互转

OpenBabel 是化学文件格式转换的「瑞士军刀」，支持上百种格式互转（PDB、SDF、MOL2、PDBQT、SMILES 等），是对接与建模流程里解决格式不兼容的常备工具。

常见用途

• 格式互转：把下载的结构转成下游工具能读的格式。
• 加氢、生成 3D：可加氢、由 2D 生成 3D 坐标。
• 批量处理：命令行 + Python（pybel）便于自动化。

注意事项

• 转换非无损：键级、电荷、立体可能丢失或误判，转换后要检查。
• 关键结构建议用 RDKit 复核（见 055 工具栈）。
• 对接前的格式准备常与 Meeko、PDBFixer 配合。

延伸资源

• 官方 openbabel.org；配套 055《化学信息学工具栈》。