结合姿势(Binding Pose)是对接给出的配体三维摆放。一个分数高的姿势未必正确,需要从多个角度判断其可信度。
判断可信度的几个角度
- 相互作用合理:是否形成了已知的关键氢键/疏水/盐桥。
- 无内部张力:配体构象是否合理、不扭曲。
- 与 SAR 一致:姿势能否解释已知构效关系。
- 可复现:能否重对接已知共晶配体并复现其姿势。
实用技巧
- 用 PLIP/ProLIF(108、109)把相互作用列出来核对。
- 多个程序交叉对接,看姿势是否一致(见「实战流程」模块)。
- 深度学习打分(GNINA)可作为重排序参考。
关键要点
- 姿势可信度看相互作用、张力、SAR 一致性、可复现;
- 重对接已知配体是基本检验;
- 用相互作用分析工具核对,多程序交叉验证。
延伸资源
- 工具:108《PLIP》、109《ProLIF》;095《Docking Score》。