AlphaFold2（Jumper 等, Nature 2021）是蛋白结构预测的里程碑，在 CASP14 上达到接近实验精度，深刻改变了结构生物学与药物发现。
核心架构
- MSA + 模板：利用多序列比对蕴含的协同进化信息。
- Evoformer：在序列与残基对表示间反复交换信息。
- 结构模块：端到端预测三维坐标。
- pLDDT：逐残基置信度，低置信区域（常为柔性 loop）不可尽信。
意义
- 让大量「无结构」靶点获得可用模型，推动基于结构的设计。
- 催生 ColabFold、OpenFold 等生态（117、118）。
- 注意：预测的是单一静态结构，不直接给出动态与配体诱导构象。
关键要点
- AF2 = MSA + Evoformer + 结构模块端到端预测；
- pLDDT 给逐残基置信度；
- 是静态单构象，需结合动态与实验。
延伸资源
- 论文：Jumper 等, Nature 2021；教程见 019、118。