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Brenk Alert:结构警示在先导优化中的价值

Brenk 警示列出一批不受欢迎的反应性/不稳定/潜在毒性基团,用于先导优化阶段的结构风险预警。

Brenk 结构警示(Brenk alerts)是一组「不受欢迎」的子结构清单,涵盖反应性、不稳定、潜在毒性或代谢有害的基团。它常用于先导优化阶段的结构风险预警。

它和 PAINS 的区别

  • PAINS:聚焦「实验假阳性」干扰。
  • Brenk:聚焦「不想要的化学基团」,如某些亲电基团、易代谢成毒性产物的结构。
  • 两者常一起用,从不同角度筛风险。

怎么用

  • 过滤库:在筛选前剔除含警示基团的分子。
  • 优化提示:命中时考虑替换或修饰该基团。
  • 结合项目语境:共价药等本就利用反应性基团,需区别对待。

关键要点

  • Brenk = 不受欢迎基团的警示清单;
  • 与 PAINS 互补:一个看假阳性,一个看坏基团;
  • 结合项目语境,别误杀共价等特殊设计。

延伸资源

  • 实操:RDKit FilterCatalog(Brenk)。
  • 配套:068《PAINS Filter》。